Das Gebiet von Miskolc ist seit Jahrtausenden besiedelt und gehört zu den ältesten Siedlungen von Europa und Ungarn. Die ersten bekannten Bewohner von Miskolc waren die Gotinen von keltischer Abstammung, aber die Ungarn fanden zur Zeit der Landnahme eine Bevölkerung von verschhieden ethnischen Minderheiten. Die Urbewohner lebten in der Nähe des dunklen Tores (Sotetkapu), Papszer und Tetemvar. Zur Zeit der Landnahme stand bereits eine Erdburg auf dem Gebiet der Burg von Diosgyor. Miskolt erhielt ihren Namen vom Stamm Miskoc und wurde zum erstel Mal um 1170 von Anonymus im Gesta Hungarorum erwähnt.. Der Stamm Miskoc war ein Zweig des Stammes namens Bors, der als Nabengeber der Komitats gilt. Der Stamm verlor sein Besitz im Jahr 1312 im Kampf gegen die Anjous. Der König spendete den Besitz der Szechy-Familie. Die Szechy Familie gewann das Recht zur Rechtsprechung und zur Haltung von Messen.
Miskolc erhielt den Stadtrang im Jahr 1365 vom König Ludwig dem Großen. Der Stand wurden Rechte der Ritterwahl und Testamentrechte gegeben. Die naheliegende Burg von Diosgyor wurde zu dieser Zeit renoviert und dem Kronherrschaftsgut angeschlossen und blieb bis 1848 im Besitz des Königs. Die Siedlung entwickelte sich schnell und hatte am Ende des 15. Jahrhunderts eine Bevölkerung von 2000 Personen. Die Entwicklung verlangsamte sich während der türkischen Herrschaft. Im Jahr 1544 wurde die Stadt von den Türken niedergebrannt. Miskolc bezahlte den Türken Steuer bis zur Befreiung im Jahr 1687, obwohl die Burg von Diosgyor bereits im Jahr 1674 zurückerobert wurde. Miskolc gilt seit dieser Zeit als wichtiges Weinbauzentrum und im 17. Jahrhundert funktionierten 13 Zünfte in der Stadt.
Während der Freiheitskämpfe (1703-1711) hat Ferenc Rákóczi sein Hauptquartier in Miskolc eingerichtet. Am 25. September 1706 wurde die Stadt vom kaiserlichen Heer niedergebrannt, im Jahr 1711 fiel die Hälfte der Stadbevölkerung der Cholera zum Opfer. Nach diesen harten Zeiten erlebte Miskolc eine Blüte. Im Jahr 1724 wurde die am zentralen Ort liegende, bevölkerungsreiche Stadt zum Komitatssitz gewählt. Mehrere wichtige Gebäuden der Stadt wie das Stadthaus, das neue Komitatshaus (gebaut um 1820), das Theater (das erste aus Steinen gebaute Theater des Landes), die Synagoge, zahlreiche Schulen und Kirchen stammen aus dem 18 – 19. Jahrhundert. Diese Jahre zogen leider nicht nur die Blüte, sondern auch eine neue Cholera-Epidemie im Jahr 1873 nach sich. Im Jahr 1878 wurde die Stadt von einem Hochwasser verwüstet. Der erste Weltkrieg hat Miskolc nicht unmittelbar erreicht.
Dank seiner raschen Entwicklung konnte Miskolc im Jahr 1909 das Behördenrecht erringen.
Die Justizvollzugsanstalt wurde im Jah 1902 gegründet.
Nach den Versailler Verträgen wurde Miskolc zun Sitz der vereinigten Komitate Borsod, Gomor und Kishont. Zu dieser Zeit fand eine kurze Rezession in der Wirtschaft der Stadt statt. Nach den Versailler Verträgen verlor Ungarn etwa das Zweidrittel seiner früheren Gebiete und aus diesen verlorenen Gebieten kamen Tausende nach Miskolc. Das frühere Regionszentrum Kosice (Kassa) gehörte nun zur Tschechoslowakei und Miskolc musse die Rolle von Kosice(Kassa) übernehmen. Dieser Flut von Arbeitskräften und die Vorbereitung für den zweiten Weltkrieg machte Miskolc zum wichtigsten Zentrum der ungarischen Schwerindustrie. Die Stadt zum ersten Mal an 2. Juni 1944 aus der Luft angegriffen. Leider blieb das Leiden der Stadtbevölkerung nicht erspart. Die rote Armee hat die Stad am 4. Dezember 1944 erobert.
Im Jahr 1945 wurden Diosgyor und Hejocsaba, im Jahr 1950 Goromboly, Szirma und Hamor der Stadt Miskolc angeschlossen. Im Jahr 1949 wurde die Bergbauakademie aus Sopron gezogen und damit wurde die Technische Universität für Schwerindustrie gegründet. In den kommenden Jahrzehnten wurde Miskolc im ständigen Wetkampf mit Debrecen die zweitgrößte Stadt Ungarns. In den 1980er Jahren betrug betrug 200 000. Ihre heutige Ausdehnung erreichte die Stadt im Jahr 1981 als Bukkszentlaszlo der Stadt angeschlossen wurde.
Die 90-er Jahre brachten schwere Zeiten für die ungarische Schwerindustrie. Die Bevölkerung bagann zu sinken und die Stadt Debrecen hat die Stelle der zweitgrößten Stadt des Landes übernommen. Seit 2000 ist eine ständige Entwicklung zu beobachten. Anstatt der Schwerindustrie konzentriert die Stadt auf Kultur und Tourismus. Im Jahr 2005 hat Miskolc im Wettbewerb um die Kulturelle Hauptstadt von Europa den zweiten Platz erreicht und im Jahr 2008 wurde Miskolc mit dem Preis „Die Stadt der ungarischen Kultur” ausgezeichnet.